细胞培养对无菌环境的要求较为严格。微生物污染通常是造成细胞培养失败的主要原因，细胞间的杀菌主要涉及空气的杀菌，其常见方法如下。
紫外线消毒
紫外线是一种低能量的电磁辐射，可杀死多种微生物。革兰阴性菌最为敏感，其次是阳性菌，再次为芽孢，真菌孢子的抵抗力最强。紫外线的直接作用是通过破坏微生物的核酸及蛋白质等而使其灭活，间接作用是通过紫外线照射产生的臭氧杀死微生物。直接照射培养室消毒，用法简单，效果好。紫外灯的消毒效果同紫外灯的辐射强度和照射剂量呈正相关，辐射强度随灯距离增加而降低，照射剂量和照射时间呈正比。因此紫外灯同被照射物的距离和照射时间要适合。
离地面2米的30W灯可照射9平方米房间，每天照射2-3小时，期间可间隔30分钟。灯管离地面2米以外要延长照射时间，2.5米照射效果较差。紫外灯照射工作台的距离不应超过1.5米，照射时间30分钟为宜。由于上述各种情况的不确定性，导致紫外线杀菌效果不是很理想，一般需要过夜杀菌。此外紫外线对人体有伤害作用，紫外灯不仅对皮肤、眼睛伤害，且对培养细胞与试剂等也产生不良影响，因此不要在紫外线灯照射下进行操作。
甲醛熏蒸
甲醛是一种高效能化学灭菌剂。不易燃、不爆炸、不腐蚀金属。它能与蛋白质中的氨基酸结合而使蛋白变性，使酶的活性消失。故有强大的杀菌作用。一般称作为“大消”，用来对细胞间进行彻底的消毒杀菌。但是甲醛是一种对人体有害的物质，并且细胞培养实验室一般空气流通都很差，甲醛的排出也很慢，至少要一周以上。如果要紧急使用的话，在甲醛灭菌完后，可以用等量的氨水中和空气中的甲醛。
空气过滤
过滤除菌：是将液体或气体用微孔薄膜过滤，使大于孔径的细菌等微生物颗粒阻留，从而达到除菌目的。在体外培养时，过滤除菌大多用于遇热容易变性而失效的试剂或培养液。目前，大多实验室采用微孔滤膜滤器除菌。关键步骤是，安装滤膜及无菌过滤过程。
干雾过氧化氢灭菌技术
欧菲姆干雾过氧化氢灭菌系统是使用文丘里泵连续定量供给消毒液，当微量的液体进入喷嘴后遇到高速载气，气体对液滴产生强力的碰撞和粉碎。空气是以多孔偏心方式进入喷嘴，实现调整离心式旋转，这就增加了气体与液体相互碰撞的距离和力度，使气体对液滴具有更强的撕裂作用，因而能够达到微米雾化的效果。再经干雾系统的强劲动力，迅速将过氧化氢液体颗粒输送至远端扩散至整个空间，从而实现高效灭菌。
欧菲姆干雾过氧化氢灭菌设备扩散性极佳，利用少量的过氧化氢杀菌剂，就可以实现log6水平的消毒灭菌，用于细胞间室内环境空气和物体表面，快速杀灭封闭空间中空气和物体表面的病毒，真菌，霉菌和孢子等微生物。单位用量少，可最大程度的降低腐蚀性和消毒成本。
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